故事的背景发生在20世纪60年代末，中国大陆内蒙古最后一块靠近边境的原始草原。这里的蒙古牧民还保留着游牧民族的生态特点，他们自由而浪漫地在草原上放养着牛、羊，与成群的强悍的草原狼共同维护着草原的生态平衡。他们憎恨着狼――狼是侵犯他们家园的敌人；他们同时也敬畏着狼――草原狼帮助蒙古牧民猎杀着草原上不能够过多承载的食草动物：黄羊、兔子和大大小小的草原鼠。草原狼是蒙古民族的原始图腾。狼的凶悍、残忍、智慧和团队精神，狼的军事才能和组织分工，曾经是13世纪蒙古军队征战欧亚大陆的天然教官和进化的发动机。

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正是蒙古民族的历史和神秘，草原的广阔和浪漫，将本书的主人公、一个叫陈阵的北京青年带进了草原。很快，陈阵发现草原并不全是浪漫和自由。牧民们为了保护自己的财产必须和狼进行战斗。他亲眼目睹蒙古的女人和小孩与偷袭羊群的狼――像豹子一样大的狼――徒手搏斗。也曾误入狼群、并亲眼看见群狼怎样在头狼的指挥下，调兵遣将围猎几百只黄羊。但是，人却抢了狼储存的食物。为了报复人的贪婪，狼利用冬季风雪和夏季蚊灾的掩护，发动了两次大规模的偷袭军马群的残酷而壮烈的战役。于是人又被激怒了。来自于农耕民族的干部不顾蒙古牧民的反对，开始了大规模的围猎狼群的战斗。狼在死亡前的尊严和牺牲精神震撼了陈阵。陈阵和他的朋友亲自掏了一窝小狼，并且养了其中的一只。他要通过一只小狼的成长，探索狼的习性和狼的哲学。通过一系列的令人陶醉的有趣的故事，陈阵发现狼是动物中唯一不可驯服的、十分神秘的动物。比如，第一次面对食物或者面对大批食物的时候，会举行跑圈，类似现代宗教的感恩仪式或者祭祀；比如，狼一旦离开大地就会颤抖无力，又像希腊神话中的安泰。进而，陈阵又发现蒙古民族不仅将狼作为自己民族的图腾崇拜的对象，而且，死后又将自己的尸体放到狼出没的地方，实施“天葬”。蒙古牧民相信狼会将他们的灵魂带上“腾格里”（蒙语：天）。狼是蒙古人敬畏的敌人，也是他们相伴一生、甚至是来生的朋友。正是蒙古人带着狼的精神征服了差不多半个地球，开通了东西方商业贸易与文化的交流。

陈阵和他的来自于北京的青年朋友，因为狼的缘故和牧民融为一片。但是，他们无法阻挡来自于农耕文化和文革时期的错误政策对草原生态的破坏。他们首先用现代武器杀狼，将仅存的狼驱赶到边境外。进而，大片的开垦草原土地。几年以后，草原上鼠害横行，大片的草原沙化。在作品的最后，也就小说的尾声，来自于蒙古草原的沙尘暴已经遮天避日地肆虐北京，浮尘甚至飘过大海，在日本和韩国的天空游荡……

人类失去的不仅是草原不仅是狼，真正失去的是人与自然和谐共存的价值观；失去的是中华民族早期的图腾：自由、独立、顽强、勇敢的精神、永不屈服、决不投降的性格、意志和尊严。这是《狼图腾》的主题和作家悲怆的呼唤。